Во главе каждого отдельного большого приказа, как его начальник, стоял назначенный царём боярин или окольничий, или думный дворянин. Начальник приказа назывался обыкновенно судьёй. У судьи был товарищ — помощник, иногда не один; всю переписку, течение дел, их распределение ведал дьяк — главный секретарь приказа. Заседание
приказа состояло из судьи с товарищами и дьяка; все дела они решали вместе; если судья и товарищи его были люди высших чинов, то решение Приказа называлось приговором бояр такого-то приказа. Судья единолично не мог решать дел, всякое решение должно было состояться с согласия товарища и дьяка; они должны были ставить свое решение „все вместе, и без единого и единый без всех», как тогда говорили; это значит, что решение приказа только тогда имело полную силу, когда было принято единогласно: ни один без всех не мог решить дело ни все без одного.
Собиралось присутствие приказа в особой комнате, отделённой от той, где сидели многочисленные подьячие. Комната присутствия называлась „казёнкой», потому что здесь обыкновенно стояла „казна» — железный сундук; в нём хранились деньги и ценности приказа.
Душой деятельности приказа был его дьяк. Судья и товарищи судьи всегда были для приказа люди новые, потому что часто переменялись, дьяк же сидел прочно на своём месте и, искушенный долгим опытом, великолепно знал всё делопроизводство, все тайны и ухищрения приказной практики, все законы и указы, и умел применять и толковать их во всех трудных случаях.
Значение дьяков, как первых знатоков законов и дела управления, начало складываться вместе с ростом государства. На высшие должности московские государи всегда должны были назначать людей знатных и родовитых, руководствуясь при этих назначениях только «великою породою» этих лиц.
Дьяки выбирались государем из незнатных людей — „поповичей и простого всенародства». Приставленные к службе, они только ею и дорожили и, конечно, делали дело лучше, чем являвшиеся мимолетными гостями главные начальники из знати. Обязанные высоким служебным положением личным своим заслугам и государевой милости, дьяки являлись преданными слугами государя и слепыми исполнителями его воли. Царь Иван Васильевич Грозный в своей борьбе с боярами, считавшими себя обязательными для государя советниками, во многом опирался на дьяков и вёл дела только при их помощи. Недаром большие бояре оскорблялись такому предпочтению. „Есть у великого князя, — писал один такой оскорбленный, — новые верники, дьяки: его половиною кормят, а большую себе берут; их отцы нашим и в холопство не годились, а теперь не только землёю владеют, но и головами нашими торгуют».