После распада Золотой Орды Русь получила право создания собственных вооруженных сил. Во всех городах стали формироваться части «городовых», «служилых» и пограничной охраны казаков – в основном за счет «верховых» донских казаков и «боярских детей» (обедневших бояр).
Этот процесс продолжился и при московском князе Василии Васильевиче Темном (1425 – 1452 гг). «Городовые» казаки и «боярские дети» наделялись землями. Есть документальные подтверждения несения гарнизонной и сторожевой службы казаками в конце XVI века и даже точная численность казачьих отрядов: в Путивле – 138, в Ряжске – 500, в Ельце – 600, в Новгороде-Северском – 103, в Пронске – 235, в Михайлове – 400, в Данкове – 500, в Дедилове – 376.
На своих местах оставались донские казаки нижнего течения Хопра, Медведицы и Приазовья, вятские, новгородские, яицкие казаки. Земли верхнего течения Дона были казаками покинуты еще в конце XIV века и представляли собой безлюдную степь. Оставались в пределах литовских княжеств малороссийские казаки.
В первой половине XV века, после окончательного распада Золотой Орды и усиления военной мощи Московского государства, началось обратное движение казачества на Дон. Земли верхнего течения Дона заселяли преимущественно новгородские казаки. После разгрома города Вятки (Хлынова) Иваном III (1489 год) большая часть вятских казаков также переселилась на берега верхнего Дона. На берега Дона переселились и рязанские казаки. Часть запорожских и малороссийских казаков переселились преимущественно на земли нижнего течения Дона.
В первой половине XVI века было вновь заселено казаками устье Терека, а также земли по правому берегу Сунжи (недалеко от нынешнего города Грозного – крепости Грозной). Был построен Терский городок (простоял недолго), а затем в устье Терека, ближе к Астрахани, по распоряжению русского царя основали город Новые Терки, ставший столицей терского казачества. Согласно современным работам историка С.А. Головановой терское казачество формировалось выходцами из Червленого Яра, бродниками, новгородскими ушкуйниками, русскими беглецами из ордынского плена и др.; появление вольных казачьих поселений на Тереке относится к концу XV века. С 80-х годов того же столетия часть донских казаков переселились за средний Терек, на места домонгольского проживания гребенских казаков. Эти поселенцы также стали называться казаками Гребенскими. Первым атаманом гребенских казаков был Андрей Шадра, который с 300 казаками ушел за Терек и при устье реки Акташе основал городок Андреев.
Постепенно казачьи полки, служившие в городах московскому царю, стали называться стрелецкими, и служба в них была наследственной. Казаки становились стрельцами, их предводители даже получали от царя за службу поместья с крестьянами. Согласно историческим данным в составе вооруженных сил монгол было около 450 тыс. казачьего населения. А в начале XVI века казачьих войск в походах было 90 – 100 тыс. человек. Служилая масса в 350 тыс. распылилась. Эта масса казаков и стала кадрами для формирования первоначально «городовых» и «служилых» казаков, царской охраны, царского полка и, наконец, стрелецких полков.
При взятии Казани в 1553 году в русских войсках находились и казаки. К примеру, рязанских казаков было около 7 тысяч. Одновременно, в той же Казани также проживали казанские казаки. Историк Лызлов спустя сто сорок лет после тех давних событий сообщал, что в самой Казани еще до взятия ее войском московского царя были христианские церкви и исправно проходили церковные службы, жили там и казаки, жили и русские люди из Ростова. По свидетельству участников осады Казани, в осажденном городе проводилось празднование православной Пасхи. Под Казанью казакам, состоявшим на службе у московского царя, пришлось воевать с теми же казанскими казаками.
За помощь, оказанную донскими казаками при взятии Казани и Астрахани, царь Иван Грозный официально своей грамотой пожаловал им «Дон-реку с речками и местечками» и велел и там жить и нести службу «как встарь». Одновременно царь под страхом смерти запретил своим боярам и воеводам сгонять казаков со своих мест.
В долгу казаки не остались. В 1556 году отряд атамана Ляпуна Филимонова разбил астраханских татар, что позволило присоединить к России Астраханского ханства.
Со второй половины XVI столетия казаки активно участвуют в освоении Сибири, Крайнего Севера, Дальнего Востока. Немало Великих географических открытий было сделано казаками, в основном, уроженцами Вологодской области (см. 2 часть).
Казаки стали основной силой при организации первой регулярной пограничной службы России. Во второй половине XVI века южная граница России проходила по долине Волги от Казани до Астрахани и далее на запад от города Алатыря (река Сура) через Шацк, Сапожок, Ряжск, Орел, Курск, Путивль и до границ Речи Посполитой. Система обороны границ, окончательно сформировавшаяся к середине XIV века, подразделялась на береговую (речную) и полевую, и велась как неподвижными сторожевыми заставами (сторожами) так и подвижными разъездами (станицами) и полевым войском (береговой ратью). Комплектовалась мелкопоместными дворянами, посадскими людьми приграничных городов-крепостей и в значительной степени – казаками. (В соседней Речи Посполитой существовала подобная система пограничной службы – обороны поточной, комплектовавшаяся по национальному принципу: гусары – из хорватов и венгров и малороссийские казаки – из украинцев в соотношении одного воина от десяти дворов.) До 1571 года единого регламента пограничной службы России не существовало, что вызывало определенные нестыковки и упущения. И в 1570 году согласно царскому повелению воевода князь М.И. Воротынский и руководство Разрядного приказа приступили к реорганизации пограничной службы. И к марту 1571 года был подготовлен первый Указ пограничной службы России на южных рубежах. Данный Указ состоял из трех частей: руководство по ведению разведки «станицами», календарное расписание проведения разведок, определение контингента разведчиков и видов их жалования и территориальных секторов проведения разведки. Данный указ документально подтверждал не только участие казаков в организации пограничной службы России, но также конкретно сообщал территорию службы казачьих станиц. Казачьи станицы проводили разведку из Орла, Новосили, Дедилова, Донкова, Епифани, Шацка, Ряжска, Алатыря (проводили разведку между Цной и Сурой). Казаки проводили и дальние разведки к Волге, Донцу, Осколу. Первый устав пограничной службы в России (1571 г.) стал одновременно и первым регламентом пограничной службы нашего государства и первым нормативным правовым актом, касающимся казачества, в который вошли понятия «казаки» и «станицы».
