В 1864 году началось наступление русских войск на Западном Кавказе. Были окончательно подавлены очаги сопротивления племен шапсугов, абадзехов, натухайцев, убыхов. Западный Кавказ был покорен, и в 1864 году Кавказская война закончилась полной победой Российской империи. В этой войне казачество понесло такие потери, которые были сопоставимы только с потерями в Отечественной войне 1812 года.
Продолжалось формирование новых казачьих войск на Дальнем Востоке. В 1889 году было создано Уссурийское казачье войско, выделенное из Амурского казачьего войска.
После окончания Кавказской войны Россия начала активную наступательную политику в Средней Азии. В 1853 году уральские и оренбургские казаки участвовали в походе генерала Перовского (численность отряда была 2177 человек), итогом которого стало взятие кокандской крепости Ак-Мечеть (переименована в форт Перовский) и начало строительства Сыр-Дарьинской линии. В 1856 году продолжилось строительство укреплений от форта Перовского до форта Верный. В 1860 году сибирские и семиреченские казаки отбили нападение кокандских войск на форт Верный. В 1864 году после взятия городов Аулиента, Туркестана, Чимкента была установлена так называема Кокандская линия. В 1865 году был взят Ташкент (крупный город со 100 тыс. населения и 30 тыс. гарнизона), в штурме которого приняли участие уральские казаки. В 1866 году в сражении у населенного пункта Узун-Агач майор Колпаковский одержал победу на войсками кокандского хана, что явилось концом его господства в Киргизии и положило начало Семиреченскому казачеству. 23 апреля 1867 года стало официальной датой создания Семиреченского казачества. Первым атаманом Семиреченского казачества стал В. Колпаковский (генерал-губернатор Туркестанского края). Продолжавшиеся военные действия обычно заканчивались победой российских войск. Во всех боях всегда отличались казаки, которые после разгрома основных сил противника продолжали преследование, стараясь максимально уничтожить разрозненные мелкие отряды степняков. В 1868 году – взят Самарканд, и бухарский эмир признал протекторат России.
12 марта 1873 года от берегов Каспийского моря начался поход русских войск на Хиву, в котором приняли участие сибирские, уральские, семиреченские, оренбургские, терские и кубанские казаки (численность отряда превышала 12 тыс. человек). Войска преодолели сотни верст пути, причем 120 верст они шли по абсолютно безводным степям и пескам, при температуре воздуха, превышавшей 40 градусов. 11 мая русские войска подошли к Хиве, начались ожесточенные кровопролитные бои. 29 мая столица Хивинского ханства была взята, и по ее древним улицам торжественно шагали русские войска, в том числе и казачьи сотни. В 1873 году был подписан договор с Хивой о территориальных уступках в пользу России, к которой отходил весь правый берег Аму-Дарьи. В апреле 1875 года многим казакам были пожалованы знаки на головной убор с надписью «За отличия в Хивинском походе в 1873 году». Все офицеры получили денежную награду в размере годового жалования, нижние чины получили по 6 рублей (довольно существенная сумма по тем временам). В 1875 году русские войска заняли Коканд. В 1876 году указом императора Александра II Кокандское ханство было упразднено и под названием Ферганской области включено в состав Туркестанского края.
В 1880 году начался поход русских войск под командованием генерала Скобелева, целью которого являлось присоединение к России туркменских земель и окончательное обеспечение безопасности южных границ империи. В состав русской армии вошли полки оренбургских, уральских и кубанских казаков. 23 декабря 1880 года началась осада крепости Геок-Тепе, которая была взята штурмом 12 января 1881 года. 18 января 1881 года русские войска взяли Ашхабад, и в начале июня 1881 года Александр III подписал указ об учреждении Закаспийского военного отдела. Весной 1882 года оренбургские казаки участвовали в Ахал-Текинской экспедиции. В декабре 1883 года русские войска заняли Тедженский оазис. В 1884 году к России добровольно присоединился Мервский оазис.
Отныне вся Средняя Азия была присоединена к России и, как и в других войнах и походах, эта победа в значительной степени базировалась на казачьих костях.
29 мая 1865 года атаманом всех казачьих войск стал наследник престола Александр Александрович, который 20 мая 1870 года на войсковом Кругу в Новочеркасске сказал: «Наше общее желание – это чтобы наше славное русское казачество сохранилось и укрепилось на долгое время, на веки веков». С 1 января 1865 года стал издаваться ежегодный «Сборник правительственных распоряжений по казачьим войскам». В 1870 году в казачьих войсках впервые был применен дисциплинарный устав, и на вооружение введено скорострельное оружие. С 1874 года начались утверждаться Уставы для всех казачьих войск, которые устанавливали срок службы казаков в 20 лет. Начинал казак служить с 18 лет и три года находился в «приготовительном разряде». С 21 до 33 лет казаки были в «строевом разряде», причем 4 года они отбывали действительную службу, а 8 лет были на «льготе» (во время которой проходили лагерные сборы). Строевая служба – 12 лет, из них 4 года в полку и восемь лет в запасе. С 34 до 38 лет казаки находились в запасе, но в случае войны они призывались в строй и из них формировались отдельные сотни.
Все казачьи полки делились по «очередям». Казачьи полки первой очереди формировались казаками 21-25 лет и располагались на границе. Штабы полков второй и третьей очереди (казаки, находящиеся на «льготе») находились на территории казачьих войск.
Происходила реорганизация в деле подготовки казачьих офицерских кадров. В 1863 году был открыт Донской кадетский корпус, с 1867 года для кадетов казачьего сословия была учреждена стипендия. В 1869 году открылось Новочеркасское казачье юнкерское училище. В 1886 году открыто Новочеркасское военное училище, и учреждена казачья сотня юнкеров при Николаевском кавалерийском училище.
В 1877 году началась русско-турецкая война, проходившая на Балканах и на Кавказе, причиной которой было стремление России помочь национально-освободительному движению балканских славян. К этой войне Россия стала готовиться заблаговременно. 1 ноября 1876 года началась мобилизация в российских губерниях, а с 3 апреля 1877 года по многим казачьим войскам прошла дополнительная мобилизация второочередных полков. Поначалу российское правительство попыталось разрешить конфликт путем переговоров, но турецкий султан отверг все предложения. И 12 апреля Россия объявила войну Турции.
Война началась наступлением русской армии в Румынии. Особенно отличились в первый день войны 29-й Донской казачий полк, который, совершив рейд в 100 км за сутки, захватил Барбошский мост (это обеспечивало переправу войск через Прут) и 13 апреля взял Браилов.
15 июня 1877 года донские и уральские казаки в составе отряда Драгомирова с боями вступили на территорию Болгарии. Болгарское население с восторгом встречало своих освободителей!
Отряд генерала Гурко, в котором находились донские и кубанские казаки, 25 июня занял древнюю болгарскую столицу Тырново. Затем отряд преодолел Хаинкиойский перевал и устремился к Шипкинскому перевалу. С 15 августа началось историческое Шипкинское сидение (по 24 декабря 1877 года). Казаки (донские, кубанские, уральские) на Шипке охраняли все горные проходы.
Западный отряд генерала Криденера штурмом взял Никополь и в начале августа подступил к Плевне. Русские войска трижды штурмовали крепость, но потерпели неудачу. Плевна сдалась только после длительной осады, после чего наступление русской армии продолжилось.
23 декабря была взята столица Болгарии София. Разгром турецких войск нарастал, и в битве под Пловдивом в начале января 1878 года турки потерпели полное поражение. 8 января 1878 года был взят Адрианополь.
На Кавказе в составе русской армии сражались донские, кубанские, терские, астраханские, оренбургские казаки. Русская армия наступала и планировала в кратчайшие сроки выйти на Ардаган, Карс, Баязет. 5 мая 1877 года был взят Ардаган. В этой войне русский гарнизон крепости, состоявший из солдат и казаков, показал чудеса героизма, длительное время отбивая нападения осадившей Баязет турецкой армии. 28 июня 1877 года отряд генерала Тергукасова снял осаду Баязета. З октября русская армия разбила турок на Аладжинских высотах, а 23 октября турки потерпели поражение при Деве-Бойну. 6 ноября 1877 года русская армия штурмом заняла Карс.
Вследствие побед России на Балканах и Кавказе Турция была вынуждена пойти на мирные переговоры. 19 февраля 1878 года согласно Сан-Стефанскому договору была провозглашена независимость Сербии, Черногории, Румынии, было положено начало независимости Болгарии. Освобождение балканских народов от турецкого владычества, большой вклад в которое внесли солдаты и казаки русской армии, положило начало крепкой дружбы между Россией и балканскими странами.
В 1899 в Северном Китае начались народные выступления, которые в итоге в 1900 году вылились в так называемое «боксерское» восстание (от названия вставшего во главе восставших тайного общества «Кулак во имя справедливости и согласия»), направленное против вмешательства иностранных государств во внутренние дела Китая. В состав международных сил, направленных на подавление восстания, вошли преимущественно амурские, забайкальские и уссурийские казаки. В течение августа 1900 года китайские войска были полностью разгромлены, Пекин был взят, и в первых рядах победителей по мостовым древней китайской столицы прошли казачьи полки.
