Казаки были активными участниками Смутного времени, занимая самые противоположные стороны. Часть казаков поддержала Лжедмитрия, который, несмотря на то, что в глазах церкви был незаконным претендентом на престол, был, по их мнению, рожден все же от Ивана Грозного, пускай и от послепятого брака. Таким образам, в глазах казаков это был вполне законный претендент на русский престол.
В июне 1605 года войско Лжедмитрия вошло в Москву, Годунов был убит. Запорожские казаки, приставшие к войскам Дмитрия (Лжедмитрия) в количестве 17 тыс. человек, ненавидя бояр и покорное им население за измену присяги, огнем и мечом прошлись в 1606 году по Пронску, Зарайску, Рязани, в 1611 году напали на Козельск, в 1612 году взяли Вологоду и истребили за преданность местным боярам всех её жителей. В 1617 году запорожские казаки напали на Новгородскую область и разорили Углицкий, Пошехонский и Вологодский уезды. Затем казачьи полки двинулись в северном направлении и опустошили Тотьму, Навагу, Великий Устюг, а также Заонежье, Олонец и добрались до Ледовитого океана. Оттуда, через Каргополь и Новгород запорожцы возвратились к себе в Малороссию с множеством пленных. «Такое было время. Свободолюбивое казачество XVII века карало Древнюю Русь за ее косность и собачью преданность клятвопреступному боярству…» (Е.П. Савельев, «Древняя история казачества», 1916).
Казаки стали основной силой антифеодального выступления начала XVII века, известное, как «восстание Болотникова». Иван Исаевич Болотников происходил из обедневших дворян. В молодости он попал в холопы к князю Телятевскому, от которого бежал на Дон, к казакам, и участвовал в многочисленных походах. Во время одного из походов Болотников попал в плен к крымским татарам, где провел несколько лет галерным рабом. Из плена его вызволили немцы. Пожив в Италии, Германии, Венгрии, Болотников оказался в рядах запорожских казаков, вскоре был избран ими атаманом и водил их в походы на турок. В одном из походов отряд Болотникова пришел в Польшу, а оттуда двинулся в Россию. В июне 1606 года отряд Болотникова пришел в Путивль, где атаман Болотников стал во главе начавшегося уже восстания против воцарившегося в то время на престоле боярина Василия Шуйского. К Болотникову присоединялись казаки, крестьяне, ремесленники, обедневшие дворяне.
Сражения шли с переменным успехом, и победа над атаманом Болотниковым была одержана только в результате обмана. В октябре 1607 года войско Василия Шуйского осадило Тулу, где находилось войско Болотникова. Шуйский пообещал в случае сдачи Тулы сохранить жизнь и свободу всем участникам восстания и их предводителям, что было подтверждено письменным договором и скреплено клятвой и крестным целованием. 10 октября 1607 года Тула открыла ворота, и в тот же день атаман Болотников был схвачен тайными агентами Шуйского. Рядовых участников восстания отпустили. Болотников содержался по стражей в Каргополе всю зиму, а в марте 1608 года его ослепили и утопили в реке.
Во время польской оккупации казаки в большинстве своем выступили против иноземных захватчиков и, оставив былые счеты и споры, оказали значительную поддержку русскому освободительному движению и воцарению на престол Михаила Романова. Особенно отличился донской атаман Филат Межаков, вместе со своими казаками примкнувший к войску Трубецкого и Заруцкого, которые выступили на стороне князя Пожарского. 20 августа 1612 года войско Пожарского подошло к Москве, но на помощь осажденным полякам пришло войско гетмана Ходкевича. 22 августа началось сражение войска Пожарского с войском Ходкевича. Заруцкий с Трубецким заняли выжидательную позицию и не поддержали Пожарского. После семи часов непрерывной битвы войско Пожарского, понеся значительный урон, находилось в критическом положении: часть полков стало отходить, крестьянская конница была почти уничтожена. Казалось, что еще немного и поляки победят. Но в самый решительный момент атаман Межаков, так и не дождавшись приказа от Трубецкого и Заруцкого, на свой страх и риск повёл казаков на польское войско, расстроил вражеские ряды, многие поляки были порублены, а уцелевшие беспорядочно отступили. После этого донские казаки атамана Межакова вошли в состав войска Пожарского, тем самым значительно усилив его боеспособность. 25 августа казаки Межакова взяли приступом укрепления близ церкви св. Климента, а потом поддержали атаку нижегородской конницы Минина. 22 октября казаки взяли приступом Китай-город.
22 ноября 1612 года Москва была освобождена от поляков. 27 ноября все ополчения собрались на Красной площади на торжественный молебен.
Атаману Межакову от архимандрита Дионисия и келаря Авраама была прислана в дар богатая церковная утварь, но Межаков ее вернул, заявив, что казаки благодарят, но подарки не возьмут, поскольку освобождали Москву не за награду, а выполняли свой долг.
И кандидатура нового царя Михаила Романова была выдвинута именно казаками (потом к ним присоединились бояре, которые поначалу выдвигали шведского герцога Карла Филиппа) на Соборе 1613 года. Были и другие кандидатуры – князь Трубецкой, князь Пожарский и др. Но казаки настояли на избрании Михаила Романова. Царя выбирали с января по апрель 1613 года, венчание на царство Михаила Романова происходило в июле 1613 года. Но уже в апреле 1613 года был создан Казачий приказ, во главе которого встали дворянин И.А. Колтовский и дьяк Матвей Сомов. Казачий приказ ведал личным составом «вольных» казаков, их обеспечением (в том числе и земельным). Параллельно некоторые из этих функций выполнял Челобитный приказ.
Но часть казачества так и не признала права Романовых на царский престол, отказывалась подчиняться власти Москвы, и впоследствии это привело к новой войне – так называемому «восстанию Степана Разина».
После установления власти династии Романовых царское правительство стало идти на различные уступки казакам – они получили право беспошлинной торговли и право свободных поездок в русских уездах. Казакам выделялось даже незначительное жалование.
С целью сохранения прочных связей с Россией в 1613 году яицкие казаки подали челобитную о принятии в подданство России, и в 1615 году яицкому войску была вручена грамота на владение рекой Яиком.
На Дону произошло слияние «низового» и «верхового» казачества в единое Всевеликое Войско Донское с центром в городке Монастырском.
В первой половине XVII века внимание казачества (особенно донского) было направлено в сторону южных морей – Черного и Азовского, поскольку укрепившиеся на тех берегах турки и татары являлись постоянной угрозой и казачеству и Московскому государству.
9 апреля 1637 года донское казачество на Войсковом Круге решило захватить город Азов, чтобы тем самым получить контроль над азовским и черноморским побережьем. В этом благородном деле донцов поддержали запорожские казаки. Осада Азова началась 21 апреля 1637 года. Командовал объединенным казачьим войском атаман Михаил Татарин. Азов был очень укрепленным городом с многочисленным гарнизоном. Штурмом взять город было практически невозможно. Но казаки того времени были универсальными воинами, использовавшими для достижения цели всевозможные способы. Перестрелка шала постоянно, а в это время часть казаков под руководством казака «родом из немецкой земли» Ивана Арадова рыло подкоп, с помощью которого казаки намеревались подорвать крепостные стены. 16 июля 1637 года казаки взорвали часть стены и ворвались в город. Одновременно начался штурм с другой стороны крепости – казаки лезли на стены по лестницам. К вечеру Азов был взят, и казаки объявили его центром Войска Донского.
Взятие Азова стало крупной победой казачества, поскольку тем самым были достигнуты не только тактические, но и стратегические цели: резко сократились татарские набеги на юг Российского государства. Учитывая это, московский царь (несмотря на то, что захват Азова был осуществлён без его согласия) не переставал посылать казакам жалование, хотя на словах осуждал казаков за их самовольство.
В течение нескольких лет казаки управляли городом Азовом. Для привлечения иностранных купцов в Азове была установлена беспошлинная торговля.
Отвоевывать Азов турки собрались только в 1641 году. Под стены Азова пришла гигантская армия численностью 240 тыс. человек. А казаки в количестве семи с половиною тысяч сели в осаду.
Все попытки турок захватить город заканчивались провалом. Чего только было не испробовано неприятелем: непрерывные штурмы, подкопы, огонь артиллерии. Многие городские стены были разрушены, но казаки зарывались в землю, отражали противника и даже делали ответные вылазки.
Турки начали переговоры и предложили за сдачу Азова выкуп. Но казаки ответили следующее: «Не дорого нам серебро и злато, дорога нам слава вечная!».
В итоге силы турецкого войска иссякли, и 26 сентября они сняли осаду Азова. Казаков, защищавших город, уцелело немногим более тысячи, и они понимали, что в таком количестве им в дальнейшем город не удержать. Казаки обратились к московскому царю принять город. По этому поводу даже был созван Земский Собор, высказавшийся за принятие города. Но, несмотря на такое решение, царь отказался от Азова, поскольку не хотел войны с Турцией. В мае 1642 года казаки оставили Азов.
В 1645 году на престол вступил царь Алексей Михайлович, который продолжил укрепление вооруженных сил государства и его границ. Новый царь не боялся войны, прекрасно понимал значение для дальнейшего развития России наличие морских портов на Черном и Азовском морях и поощрял походы казаков под Азов. В июле 1645 года крымские татары напали на Черкасск, и казаки не только отбили нападение, но также совершили поход за Дон, настигли отходивших к Крыму татар и отобрали всю захваченную ими добычу. За проявленную храбрость и воинское искусство царь Алексей Михайлович 25 сентября наградил донских казаков похвальной грамотой и первым царским знаменем, на котором был изображен герб Российского государства – большой черный орел с изображением Георгия Победоносца посередине.
В первой половине XVII века Речи Посполитой во время правления короля Сигизмунда III произошли важные изменения к власти пришли «отцы-иезуиты», сумевшие склонить на свою сторону короля. Была придумана Уния (объединение православной и католической церкви под властью Римского Папы). Но большинство православного населения не захотело изменить своей вере. И начались гонения на православные церкви вплоть до запрета похорон по православному обряду, были нападения на крестные ходы и на священников, сопровождавшиеся убийствами и грабежами. Одновременно с этим иудеи, фактически заправлявшие всеми финансами Польши, начали брать у поляков на откуп православные храмы: иудеи стали держать у себя ключи от церквей и заставляли православное население платить втридорога за каждую требу. Если священник покидал свой приход, евреи-арендаторы забирали себе церковную утварь и одежду. (А.М. Гнеденко, В.М. Гнеденко, «За други своя или все о казачестве», 1993)
В ответ начались вооруженные выступления православного населения, основной силой которых были казаки. Поначалу правительственным войскам удавалось подавлять эти выступления. Но преследования и казни вызывали ответное ожесточение. Шляхта на территории проживания православного населения вела себя как на вражеской территории.
Шляхтич Чаплинский разорил хутор войскового писаря Малороссийского казачьего войска Богдана Хмельницкого, избил до смерти его сына и увез жену Хмельницкого. Хмельницкий обратился с жалобой к королю Владиславу. Но у короля практически не было власти, справиться со шляхтой он не мог. Владислав сказал Хмельницкому следующее: «Знаю об утеснениях казаков, но помочь вам не в силах. У вас есть сабли, кто вам запрещает постоять за себя?!».
Возвратившись на Украину, Хмельницкий собрал знатнейших казаков и призвал их к восстанию. К нему также присоединились запорожские казаки и крымские татары.
В апреле 1648 года войско Хмельницкого у Желтых Вод разгромило польское войско, от которого осталось всего 10 тыс. человек. В этой битве в плен к казакам попали два польских гетмана – Потоцкий и Калиновский. После этого казачьи отряды начали мстить своим угнетателям – польской шляхте и евреям-арендаторам. Их вешали, рубили, топили, кидали с кручи. И дело было не только в мести, но, прежде всего, в защите православной веры на Украине.
Непрерывные военные действия на Украине вызывали постоянный отток населения в Россию, где они расселялись по так называемым «слободам» вблизи с украинской границей. В июне 1651 года из «слободчан» были сформированы и расположены на украинской границе Слободские казачьи полки – Сумский, Изюмский, Ахтырский, Харьковский и Острогожский.
Война была многолетней и жестокой. Польской шляхте так и не удалось покорить восставший украинский народ. Однако и Украине в одиночку было не справиться с таким сильным государством, как Польша. Лучшие казачьи полки гибли в сражениях. И Хмельницкий в январе 1649 года обратился к Москве с просьбой принять Украину под своё покровительство. Ввиду недостаточной подготовки к возможной войне с Польшей Россия временно отклонила предложение Хмельницкого, но стала оказывать его войску экономическую и военную помощь. А в 1653 году Земский Собор решил принять Украину в состав России. На Переяславской Раде 1654 года украинские и запорожские казаки избрали своим государем московского царя, и Украина (Малороссия) добровольно вошла в состав Российского государства.
Запорожские казаки, переселившиеся на берега Днепра еще до монголо-татарского нашествия, фактически создали свое независимое государство – Запорожскую Сечь, население которого состояло из казаков-сичевиков, семейных казаков и посполитых людей.
Казаки-сичевики – гвардия запорожского казачества – постоянно проживали в Сечи, которая состояла всегда из 38 куреней – рубленых помещений 30х4 м. В курене размещалось до 60 человек. Казаки-сечевики были холостяками и не имели собственности.
В наиболее защищенном месте стояла церковь во имя Покрова Божией Матери. Тут же рядом находились помещения войсковой казны, канцелярии, кошевого атамана и войскового начальства.
К каждому куреню были приписаны семейные казаки, проживавшие с семьями вокруг Сечи в зимовниках, которые насчитывали до 30-40 казаков и представляли собой небольшие укрепленные крепости. Семейным казакам Сечь выделяла пахотную и покосную землю, табуны коней.
В мирное время казаки-сечевики и семейные казаки жили только на своих местах. В случае войны они составляли единое войско.
Посполитые люди – поселяне, бежавшие от панского гнета. Они проживали в хуторах и селах, вели хозяйство на казачьих землях и платили Войску оброк продуктами.
Села и зимовники входили в паланки – запорожские уезды, во главе каждого ставился полковник, под началом которого состояли семейные казаки. Всего было восемь паланок. Запорожским казакам принадлежали земли нынешних Николаевской, Одесской, Херсонской, Запорожской, Днепровской областей.
Свои ряды запорожские казаки пополняли не только подрастающим поколением потомственных казаков, но принимали в свои ряды удальцов всех национальностей и, прежде всего, из Великороссии и Украины. Казаки принимали в свои ряды и беглых преступников, которые в корне меняли свои взгляды на жизнь и подчинялись дисциплине и идеологии казачества. Ослушников и преступников ожидало суровое наказание: убийство, воровство, укрывательство краденой вещи, насилие против христианского населения, самовольная отлучка и пьянство во время похода карались смертной казнью.
Официально запорожские казаки проживали в Речи Посполитой, но фактически они образовали независимое государство, жили по своим законам и ненавидели польскую шляхту за преследование православного населения. Они с самого начала поддержали восстание Богдана Хмельницкого и после окончания войны добровольно вошли в состав России.