Ко времени царствования царя Алексея, когда родовитое боярство много потеряло после деятельности Грозного и Смуты в своём первенствующем значении, дьяки получают большую силу и значение в государстве. Думные дворяне, окольничьи, бояре могли стоять во главе приказов, но приказ мог обойтись и без знатного судьи. В 17 веке были приказы без бояр и окольничьих, но не было ни одного, в котором не сидел бы дьяк и часто не один, а два или три. Были приказы, в которых заседать могли только дьяки, а бояре и окольничьи не допускались вовсе. То были Панафидный приказ и приказ Тайных Дел. В этом приказе, по описанию современника, сидел дьяк да подьячих с десять человек и „ведают они и делают всякие дела царския, тайныя и явные. И в тот приказ бояре и думные люди не входят и дел не ведают, и подчинён этот приказ прямо самому царю».
Всякому знатному человеку, назначенному на ту или иную высокую должность — наместником ли, большим ли воеводой, великим послом и т.п., — всегда назначался в товарищи дьяк. Дьяки сидели с воеводами, управлявшими городами и уездами Московского государства и судили и решали все дела вместе с ними, как их товарищи. Они и назначались на службу, как товарищи знатных начальников, по указу великого государя, и знатные начальники без совета и согласия дьяков ничего не могли делать. В Астрахани один раз произошла размолвка дьяков с воеводой, и правительство осталось без всяких вестей из Астрахани на довольно долгое время, так как в Астрахани остановились все дела: что напишет воевода, то перемарает дьяк, а что дьяк напишет, того не утверждает воевода.
Дьяков с титулом думного назначали даже заседать в Боярскую Думу. Как люди незнатные, худородные, дьяки занимают последнее место в Думе; они стоят, когда все сидят, и лишь изредка, „улучив время», выходят посидеть в соседнюю палату, и только изредка государь, смилостивившись над их усталостью, когда заседание Думы затягивалось, разрешал присесть и дьякам. Но, хотя и стоя, дьяки принимали деятельное участие в прениях: мыслили с царём и боярами, не всегда соглашались с мнениями знатных думцев, а умеют настоять на своей мысли и провести её вопреки сопротивлению знатных думцев.
Начинал свою деятельность будущий дьяк подьячим и сидел в приказе, строча бумаги; иногда от письменных занятий его отрывали и посылали гонцом в другой город или младшим приставом к иноземному послу. Исполняя такие мелкие поручения, молодой подьячий навыкал к делу, а за успешное исполнение поручений получал награду: то землицы ему дадут в поместье, то кафтан пожалует государь, или шапку соболью пришлют с Казённого двора.
Назначенный дьяком в какой-нибудь небольшой и малозначительный приказ, он постепенно повышался в службе, переходя во всё более и более значительные приказы. Если дьяк обладал ловкостью, выдающимся умом и способностями, то дослуживался до звания думного дьяка, присутствовал на „сидении государя с бояры» и вёл дела одного из важнейших приказов — Разрядного или Посольского. В промежуток службы в двух приказах, дьяка отправляли товарищем воеводы в какой-либо город или в посольство товарищемъ же посла или, наконец, ему поручали описать в казённых целях какую-либо область или уезд.
Такая разнородная, многолетняя служебная деятельность в многочисленных приказах и вне их, по управлению, вырабатывала из дьяков больших знатоков правительственных порядков и строя Московского государства. Они выработали прекрасный, точный, выразительный язык своих грамот и умели писать кратко и отчетливо, излагая суть дела.
При царе Алексее бежал за границу, въ Швецию, подьячий Посольского приказа Григорий Котошихин. Там, по поручению шведского правительства, он составил описание современной ему России. Надо было много и хорошо знать тогдашние дела, чтобы дать такое превосходное описание, какое дал Григорий Котошихин, а он даже не дослужился до дьячества. Все дела, всё устройство Московского государства у него как на ладони, и он описывает его, если можно так выразиться, наизусть — без книг, без записей, пользуясь только своими знаниями и памятью, да справляясь с тогдашним собранием русских законов — Уложением. Понятно, каким знатоком дел и нужным в правительстве лицом мог стать какой-нибудь думный дьяк, каждый из братьев Щелкаловых, например, знаменитых дельцов времени царей Ивана, Фёдора Ивановича и Бориса Годунова.
